Восстановление предковой последовательности

С помощью программы dnaml были найдены предковые последовательности, находящиеся в узлах филогенетического дерева. Программа восстанавливает следующее дерево (справа -модельное дерево):

  +---c         
  |  
  |         +--------------------e         
  |      +--3  
  |      |  |  +------------------------------------f         
  1------2  +--4  
  |      |     +---------d         
  |      |  
  |      +--------a         
  |  
  +---b

 +--------------f
 |
-r  +-----------e
 |  |
 +--4  +--------d
    |  |     
    +--3  +-----a
       |  |
       +--2  +--b
          |  |
          +--1
             |
             +--c

Видно, что лишь первый и второй узлы совпадают (ведут к одним последовательностям). Таким образом, сравнивать их напрямую будет неверно. К тому же первоначальной предковой последовательностью является последовательность r, которая является корневой, и в дереве, восстановленном с помощью метода Maximal Likelyhood не находится (это дерево - неукоренённое). Поэтому ближайшей к ней является последовательность узла 4. Ниже представлена таблица, в которой приведена попарная идентичность последовательностей (в процентах):

Видно, что первые два узла предсказываются достаточно хорошо. То же можно сказать и о третьем узле, однако, модельная последовательность этого узла также показывает хорошее выравнивание с предсказанной последовательностью из узла 4. Затем при сравнении с модельной последовательностью узла 4 и последовательностью корня две предсказанные последовательности также дают практически одинаковые значения.
Возможно, это является признаком того, что на больших расстояниях воссоздаваемая последовательность содержит много ошибок и сходство двух последовательностей во многом случайно. Указанные выравнивания можно посмотреть здесь Обозначения: r - пурин y - пиримидин m - А или С k - G или T s - C или G w - A или T